Analisis Pohon Filogenik lipase pada tujuh spesies berbeda menggunakan Mega 5.1

    Pernah tidak anda membayangkan bagaimanakah perkembangan makhluk hidup yang ada di bumi ? Bagaimana mungkin satu organisme tunggal dapat menjadi berbagai macam organisme ?
Jawabannya adalah Mutasi. Mutasi yang terjadi pada material genetik akan menyebabkan perubahan sifat atau yang lebih dikenal dengan sitilah Fenotif. Melalui mekanisme mutasi organisme dapat berkembang menjadi lebih bervariasi. Akan tetapi pokok pembahasan kali ini bukanlah mutasi, melainkan kekerabatan antar organisme yang terjadi akibat mutasi. Meskipun mutasi dapat menyebabkan spesies yang satu dengan yang lainnya berlainan, akan tetapi kita masih dapat menganalisis kekerabatan antar spesies tersebut. Di bawah ini saya akan menjelaskan kekerabatan enzim lipase menggunakan aplikasi Mega 5.1

    Protein merupakan makromolekul yang menyusun setiap organisme. Makromolekul ini sangat penting bagi suatu organisme, karena hampir semua kegiatan metabolisme berhubungan dengan protein. Salah satu dari berbagai macam protein adalah protein lipase. Lipase merupakan bentuk protein kompleks (disebut pula enzim) yang berfungsi memecah lemak menjadi asam lemak dan gliserol. Tanpa lipase, manusia tidak bisa mendapatkan nutrisi dari makanan yang dikonsumsi. Tubuh secara alami memproduksi lipase sehingga memungkinkan pencernaan memproses makanan dan mengubahnya menjadi berbagai nutrisi yang siap digunakan.

600x464xenzim.jpg,qa9c03a.pagespeed.ic.5rjHiWGjNO_5G8nDL50c
Gambar 1 Struktur protein lipase
Analisis kekerabatan suatu spesies dapat dilakukan dengan menggunakan pohon filogenik. Pohon filogenik tersebut dapat dibuat dengan menggunakan aplikasi Mega 5.1. Aplikasi ini memungkinkan kita untuk mengetahui kekerabatan suatu spesies dilihat dari berbagai sudut misalnya protein dan nukloetida. Pada kesempatan ini saya menggunakan protein lipase Canis lupus familiaris, Burkholderia glumae, Pseudomonas fluorescens, Staphylococcus hyicus, Rhizopus javanicus, Streptomyces rimosus, dan Trypanosoma grayi untuk menganalisis kekerabatan. Hasil analisis dengan menggunakan Mega 5.1 menghasilkan gambar sebagai berikut.
yg-bener1
Gambar 2 Pohon filogenik enzim lipase
Hasil analisis menggunakan Mega 5.1 menunjukan bahwa kekerabatan antara Pseodomonas flourescens dengan Trypanosoma grayi sangat jauh. Gambar di atas menunjukan bahwa spesises yang berada pada satu cabang garis mempunyai kekerabatan dekat, sedangkan yang berebda cabang garis mempunyai kekerabatan yang jauh. Tingkat kekerabatan dari 7 spesies yang dipilih dapat dilihat dari nilai pada garis yang ada pada masing-masing spesies, semakin kecil selisih dari 2 atau lebih spesies yang dibandingkan maka semakin dekat kekerabatannya. Dari ke 7 spesies yang dipilih dapat diketahui bahwa Pseudomonas fluorescens memiliki kedekatan dengan Streptomyces rimosus dan Canis lupus familiaris , Staphylococcus hyicus memiliki kedekatan dengan Burkholderia glumae.

Terimakasih

Lokasi: Jalan Raya Leuwiliang Karacak, Karacak, Leuwiliang, Barengkok, Leuwiliang, Bogor, Jawa Barat 16640, Indonesia

Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Sang "Mak Comblang"

Gambar
Pernah gak sih kalian berfikir kenapa sabun bisa menghilangkan kotoran dan lemak ? "Dengan khusyu Lilis, sang bunga desa itu tengah membersihkan piring yang penuh dengan minyak sisa syukuran pernikahannya. Beberapa saat kemudian Lilis tersadar bahwa  sabun yang ia  gunakan ternyata habis. Karena  jarak yang jauh dengan warung, Lilis kemudian mencuci piring tanpa sabun.  Selesai mencuci Lilis merasa terheran-heran karena piring yang ia bersihkan masih lengket dengan minyak. Dengat berat hati akhirnya Lilis meminta bantuan Amir sang suami untuk membelikannya sabun dan mencuci kembali piring tersebut" Sebagian besar orang pasti pernah mengalami hal serupa dengan penggalan cerita di atas, kususnya kaum hawa. Nah tahu gak sih kenapa sabun bisa membersihkan lemak atau minyak sedangkan air tidak ? Bagi anda yang belum tahu dan ingin tahu berikut saya berikan penjelasan sederhananya.  Pada dasarnya di dunia ini hanya dua jenis senyawa, yaitu senyawa polar dan senyawa nonp
Baca selengkapnya

Menggunakan Internet untuk Literatur Ilmiah

Gambar
Pengetahuan mengenai literatur ilmiah merupakan hal sangat dibutuhkan oleh seorang penulis, terutama bagi mereka yang sering membuat essai atau karya tulis ilmiah. Tidak jarang pada beberapa perlombaan menulis, bahkan literatur merupakan bagian dari penilain, sehingga memegang peranan yang begitu penting. Selain mereka yang aktif menulis, setiap mahasiswa juga harus mengetahui tentang literatur ilmiah. Laporan kegiatan praktikum, skripsi, tesis dan disertasi merupakan bentuk tulisan yang menjungjung tinggi sumber acuan. Bukan hal yang tidak mungkin jika seseorang tidak jadi lulus hanya karena sumber acuan yang tidak tepat.  Pada kesempatan kali ini, saya akan berbagi mengenai literatur ilmiah, khususnya literatur yang sering digunakan untuk tulisan-tulisan science. Secara umum literatur ilmiah dapat digolongkan menjadi tiga, yaitu literatur primer, sekunder dan tersier. Masing-masing literatur tersebut tentunya memiliki bentuknya masing-masing. Berikut merupakan penjelasan sin
Baca selengkapnya

SENYAWA HIDROKARBON

Gambar
     Pernahkan kalian memperhatikan gas LPG ( Liquified Petroleum Gas ) yang sering digunakan untuk memasak oleh orang tua kita. Sebetulnya apa komposisi/kandungan dari LPG tersebut ? Lantas kenapa gas tersebut dapat menjadi bahan bakar yang banyak digunakan oleh masyarakat, padahal sebelumnya masyarakat menggunakan minyak tanah ?         LPG tersusun atas propana ( C 3 H 8 ) dan butana ( C4 H 10 ) dengan komposisi 99 % dan sisanya merupakan gas pentana ( C 5 H 12 ) yang dicairkan. Propana, butana, dan pentana merupakan contoh dari senyawa hidrokarbon dalam kehidupan sehari - hari. InsyaAllah pada kesempatan kali ini, kita akan mempelajari mengenai senyawa hidrokarbon tersebut.  1. Pengertian Senyawa Hidrokarbon      Senyawa hidrokarbon merupakan senyawa yang tersusun atas atom hidrogen (H) dan atom karbon (C). Senyawa hidrokarbon banyak ditemukan dalam kehidupan sehari - hari seperti LPG, PVC (polivinil klorida) sebagai bahan pipa air dan minyak tanah atau bensin.  Keunikan atom karbo
Baca selengkapnya